Lentoaseman toiminta keskittyy kaupalliseen ja yleisilmailuun, sillä demilitarisoidulla Ahvenanmaalla ei vieraile sotilaskoneita. Koska Ahvenanmaan maakunta on Euroopan Unionin veroliiton ulkopuolella, tarjoutuu matkustajille Maarianhaminan lentoasemalla mahdollisuus myös verovapaisiin ostoksiin.